有一座狗坑还出土了一件黄金薄片夔纹饰物，可能是目前发现的中国最早的黄金工艺品。在这座狗坑的外侧，则有14座各埋一人的坑，都极为狭窄，人是勉强塞进去的，没有随葬品，有的手脚呈捆绑状。和狗一样，他们也是献给“神石”的祭品。
“神石”东西两侧各有一座五边形土坑，相隔1米多，坑内堆积着深灰色的油腻灰烬，坑壁呈灰黄色，且含有大量油脂，“手触异常光滑”，可能是主祭者割取狗和人牲的油脂在坑中焚烧“燎祭”所致。
在这之前的夏商遗址中，很少看到这种大量用狗和人共同献祭的场景，但稍晚的殷商阶段的铜山丘湾（今徐州市北郊）有一片埋狗和人的祭祀场，场地中心也是几块堆积的大石头。至于这种风俗源自何处，丘湾和郑州之间是什么关系，还有待更多的考古发现来印证。
此外，郑州商城宫殿区曾兴建过多座大型夯土建筑，到三期时，建筑被废弃，在地基上挖了一条南北走向的壕沟，宽2米，里面堆积和掩埋了大量的人头盖骨。壕沟东壁有三个南北走向的柱洞，柱洞之间相距1米多，地面上有很多生活垃圾和加工骨器的残余物，还有很少见的青铜簪以及玉簪和玉铲。据推测，沟的东侧可能有一座工棚。
从这些迹象看，壕沟东侧工棚区并非生产某种特定的产品，而是给宫殿区用户随时加工和改制各种生活用品，也可称为“修理区”。头盖骨应当也是在工棚内加工的，但不知出于什么原因，又堆积到了旁边的壕沟中。
沟内头盖骨从南到北堆成三堆，北堆和中堆相对完整，南堆残破，可能有人为破坏。有四十多枚头盖骨出土时较完好。没有发现人体其他部位的骨头。
这些头骨的加工方式是：沿着眼眶和耳孔部位锯开，只保留碗状的头盖骨部分，再用石头把锯割面打磨光滑。没有发现锯下来的面骨、下颗骨和牙齿等，看来工棚内有分拣处理程序，无用的残骨被运到了别处。
经鉴定，这些头骨均来自男性，主要是青年，也有少量中年和少年的。和人头骨堆在一起的，有一具带两角的牛头骨。从照片看，有些头骨上好像存在人为的凿孔，但发掘报告没有对此加以详细介绍。目前，商朝只发现这一处批量加工头骨的遗迹。有学者认为，它们是“饮器”，有原始宗教用途，可能是充当某种巫术法器。10
头骨堆积照片以及两件头骨的锯痕线图
这些头盖骨被扔进即将填平的壕沟，然后加以掩埋，显然是遗弃物。但是，它们当中很多都是完好的、经过加工的碗状头骨，而且这条沟也不是抛弃废骨料的场所。这很可能跟郑州商城三期末尾的一场大动荡和风俗变革有关。
在三期的繁荣阶段，宫殿区的头骨制作场并不是特例。郑州的商人还会用人骨制作生活用具，比如，商城北墙外的紫荆山北侧就有一座骨器作坊，从郑州商城二期开始运营，最初只用兽骨，到三期大量出现用人骨加工制作骨器的现象：先把人的肢骨两端的骨臼锯掉，只留下中段骨管，再锯成约8厘米长的骨条，用来磨制骨簪、骨链或骨针。
这片制骨作坊区因被河南省多家省直单位的建筑覆压，考古发掘工作只能见缝插针。目前，已经发现很多制骨半成品和废骨料，没有发现头骨，而隔着仅仅1公里多的宫殿区内，则只有人头盖骨。
除了王室高层，郑州商城三期的普通族邑也大量用人献祭。比如，在南城外的铸铜场就发现了两座祭祀坑:M172，南北正向，长方形坑，东侧紧挨着铸铜操作区，形状像一个标准墓穴，坑底并列埋着四具成年人骨架，头朝正北方，有三具上半身已腐朽。发掘报告推测，“似为杀死后依次并列放入坑中”；M167，造型与M172类似，也埋着四具成年人骨架，多数骨骼已腐朽。
此外，商城内外还有很多零散分布的祭祀坑：西城外曾发现四座牛祭坑，每座埋入一头牛；城外西南角发现一座较深的坑，在深约3米处埋有两具男子尸骨，骨架不完整，发掘报告推测，“可能与举行祭祀后的杀殉有关”。
人祭成为国家宗教
综合偃师和郑州两城的祭祀历程可见，在商朝一期（最初70年），宫廷和民间祭祀以猪为主，用人的现象很少。但也不能断言完全没有人祭，毕竟自龙山时代以来，华北各地的人祭已经很常见，很可能只是偃师和郑州商城目前尚未发现而已。
商朝二期（开国70—140年间），偃师的王宫区开始批量用人献祭，郑州的普通商人族群也出现大量人祭现象。用牲畜祭祀的现象继续存在。
商朝三期（开国140—200年间），两城宫廷和民间的人祭数量空前增加。三期结束后，两座商城逐渐萧条，人祭现象也同步消失，如后文所述，转移到了商人新的统治中心。
总的来说，商朝开国百年，王室开始大量杀人献祭，从而在偃师和郑州商城的宫殿区形成密集的人祭遗存。而一旦王室献祭的人口数量远超民间祭祀活动，则标志着人祭成为商朝的国家宗教形态。
相比之下，在夏朝一二里头古城，王室的人祭活动并不多，目前只在三期D1宫殿庭院内发现五具尸骨，其他地点的人祭活动则都比较零散，看不出和王权有直接关系。也就是说，夏朝尚未把人祭作为国家宗教。二里头宫殿区的“1号巨型坑”埋有大量献祭用猪，规模已经超过民间，说明夏朝王权对于宗教的依赖已超过民间，只是统治者尚未特别重视人祭。
人祭的迅速增长，和商朝的扩张有同步性。开国50多年后，商人的扩张触角开始伸向晋南、关中东部，甚至湖北省。在新征服地区，商人可以俘获大量人口，除了被用作强制劳动的奴隶，也可以作为献祭材料。
另外，商人的人祭宗教也和他们的复杂来源有关。灭夏初期，来自多个文化的人群融合成新兴的“王朝商族”，因此，他们需要构建一种维系自我认同的宗教文化，而用人献祭是最为明晰和便捷的方式：借此区分执行献祭的“我们”（商族人）和用来献祭的“他们”（非商族群），由此，商族人获得了独一无二的优越感。换句话说，他们用“野蛮”的异族人敬献诸神和先祖，祈求天界的福佑，从而获得君临大地和统治列族的权柄。
在商人的人祭宗教兴盛之际，王室成为人祭活动最大的主办者。这代表着王权和神权的高度融合。I?比起二里头—夏朝，这是一个新变化：人祭是商朝的国家宗教，也是商族人的全民宗教。人祭行为不仅出现在偃师和郑州商城的宫廷与民间，也被商人带到了各殖民城邑，比如，晋南的垣曲商城和夏县东下冯商城以及老牛坡，不仅有人祭和人殉现象，而且有埋入多人的圆形袋状祭祀坑：
一，夏县东下冯商城的H550，埋入人的尸骨五具、羊和狗各一只。13
二，垣曲商城的H353，多具尸骨无序叠放，其中一人小腿骨嵌入一枚柳叶形铜嵌，显然是被射伤后俘获；M16，用了一名青年女子殉葬。14
三，在西安的老牛坡商人据点，一座三角形小坑夯筑了三颗两岁左右幼儿的头骨。15
然而，正当早商国运和人祭宗教双双空前繁荣之际，一种新的宗教理念输入郑州商城，结果引发了非常复杂的后果。这是一场尚未引起注意的商文化革新运动。
被隐藏的宗教改革运动
商朝开国200余年，郑州商城第四期初叶，郑州和偃师商城发生严重萧条，偃师商城迅速被废弃，郑州商城则在衰微中维持了数十年。
刚刚进入中商阶段时，郑州商城出现了一种全新的祭祀方式——埋藏青铜器。发掘者在城墙外侧发现了三处这一时期的铜器窖藏坑：张寨南街窖藏坑，1974年发现，有三件铜器；向阳回民食品厂窖藏坑，1982年发现，有13件铜器；南顺城街窖藏坑，1996年发现，有12件铜器。
这三座窖藏坑中都埋有成组的鼎，其他小件铜礼器和兵器则整齐码放在大鼎腹中。铜鼎体型重大，铸造工艺精良，外侧有乳钉纹、夔龙纹和兽面饕餐纹。这些成套铜器的主人显然不是一般贵族，只能是商王。